水神共工為了爭奪人間的主導權，與火神祝融發動了一場大戰。共工撞倒了托舉蒼天的不周山，導致天河傾瀉，洪水泛濫。共工企圖用洪水控制人類。
鯀受命治水，為堵住洪水，鯀偷盜天物息壤，被天雷劈死。死后尸體化成一座大山，大山孕育了禹。禹出生后，結識了庚辰、伯益，和修行五百年的耳鼠，并救下受傷的應龍。舜將禹等帶回都城，培養成才。正值洪災加劇，舜不得已派禹等人治水。共工得知此事，率領一群妖神一路阻難。
禹經過涂山，邂逅女嬌，墜入了愛河，卻發現女嬌中了共工手下無支祈的魔咒，即將變成石頭。大禹毅然與女嬌結婚。在變成石頭前，女嬌魔咒解除，還將開山斧交給禹。無支祈大怒，擄走禹的部下豎亥。禹救出豎亥，并將無支祈鎮壓在淮河。然后告別女嬌，前往黃河治水。共工早已在黃河和去黃河的路上設下圈套。歷經艱險與失敗后，禹終于找到了治水方法——堵不如疏，破了共工的局，解決了黃河水患。正當禹要與女嬌團聚時，又傳來旱魃作亂、赤地千里的消息。禹打敗旱魃，結果水火失衡，導致共工力量突增。共工召喚出九頭蛇怪相柳進攻都城，又放出無支祈水淹涂山。是拯救天下百姓，還是去救女嬌，兩難之中的禹最后選擇了前者，消滅了相柳。而女嬌在無盡的等待中心死，變成石頭。此時相柳尸體又化成毒液，即將流毒天下，禹不得不重走父親老路，偷盜息壤，堵住了毒水。天將問罪，鯀為禹擋住天雷，粉身碎骨。禹終于回到女嬌身邊，悲痛萬分。眾人齊心協力，與共工決戰，終于將其打敗，天下再無水患。而禹則決定永遠陪伴女嬌石像，舜屢次征召要讓出帝位，禹不為所動。終于某一天，女嬌復生，還生下啟。禹這時才接受舜的禪讓，并請求天帝釋放共工，令其戴罪立功，守護百姓。一個太平時代開啟了
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